Образование
Анатолий Ботнарь родился 3 мая 1950 года в селе Питушка Кэлэрашского района (Молдавская ССР) в семье чтеца Фомы Ботнаря. При рождении получил имя и отчество Георгий Фомич Ботнарь. Семья, из которой он происходил, была глубоко верующей: отец несколько раз в неделю собирал детей на совместную утреннюю молитву, читался акафист святому дня или акафист Спасителю, Божией Матери и, обязательно, канон Ангелу-Хранителю. Таким образом, в возрасте 6 лет мальчик Георгий уже читал на клиросе, где отец устроил небольшой аналой специально для детей.
В 1967 году он с отличием окончил среднюю школу, став призёром республиканских олимпиад по математике. После окончания школы попытался поступить в Московскую духовную семинарию, отправившись в Загорск (Сергиев Посад), однако его документы не были приняты по причине того, что он ещё не прошёл обязательную военную службу. Затем он вернулся в родное село, где ему была предложена должность учителя математики в V–VII классах, но он отказался, будучи твёрдо намерен стать священником.
В период с августа 1967 года по ноябрь 1968 года он входил в состав топогеодезической экспедиции, выполнявшей картографические работы на территории Молдовы и Одесской области. Достигнув 18-летнего возраста, был призван в ряды Советской Армии, где в 1968–1970 годах проходил обязательную военную службу в должности топогеодезиста-оператора.
В 1971 году был принят в Одесскую духовную семинарию (Украина), которую окончил в 1974 году с отличием. 3 марта 1974 года в кафедральном соборе «Успение Пресвятой Богородицы» (Успения) города Одессы был рукоположен во диакона митрополитом Одесским и Херсонским Сергием Петровым. 31 марта того же года был рукоположен во пресвитера в храме «Успения Пресвятой Богородицы» мужского монастыря города Одессы тем же митрополитом. В 1974 году, по окончании Одесской духовной семинарии, был награждён набедренником митрополитом Одесским и Херсонским.
Служение в священном сане
Георгий Ботнарь, студент Одесской духовной семинарии (1971–1974).
По окончании обучения в Семинарии Комиссия по распределению Московской Патриархии направила его на служение священником в Епархию Кишинёвскую и Молдавии. В 1974–1975 годах он служил настоятелем храма «Святого Архангела Михаила» в селе Кошкодены Лазовского района (ныне Сынжерей). Жители этого села оставались верующими, несмотря на мощную антирелигиозную пропаганду.
Затем он был переведён настоятелем храма «Святого Архангела Михаила» в селе Абаклия (Бессарабский район), где нёс служение в 1975–1998 годах. По воспоминаниям протоиерея Георгия Ботнаря, атмосфера в Абаклии была прямо противоположной той, что была в Кошкоденах: здесь активно велась атеистическая пропаганда. Дети в селе были лишены христианского воспитания и традиций, а представители интеллигенции и многие другие жители считали постыдным даже здороваться со служителем алтаря. Хотя первоначально он намеревался просить о переводе в другой приход, он остался в Абаклии. Он также окормлял близлежащие сёла, где не было храмов. Жители этих сёл были преимущественно болгарами и гагаузами по национальности.
За 23 года служения в селе Абаклия протоиерей Георгий Ботнарь сумел привести к храму большинство своих прихожан, проводя для них занятия по катехизации. В знак признания его трудов Высокопреосвященнейший Ионафан (Каполович), Архиепископ Кишинёвский и всея Молдовы, удостоил его права ношения фиолетовой скуфьи (к празднику Пасхи 1977 года), а затем и камилавки (1980).
В 1984 году, к празднику Пасхи, Патриарх Московский и всея Руси Пимен (Извеков) наградил его золотым наперсным крестом. В 1990 году, по случаю 400-летия учреждения Патриаршества в России, в знак признания его образцовой пастырской деятельности Патриарх Пимен возвёл протоиерея Ботнаря в сан протоиерея с правом ношения палицы. В 1994 году, по случаю 20-летия священнического служения, епископ Тигинский Викентий (Морару) удостоил его права ношения митры и креста с украшениями, после чего он стал протоиереем митрофорным.
К празднику Пасхи 1996 года за заслуги по проведению капитального ремонта храма, в котором он служил, митрополит Кишинёвский и всея Молдовы Владимир (Кантарян) предоставил ему право совершать Божественную литургию с открытыми Царскими вратами до «Херувимской песни». Спустя ещё два года Высокопреосвященнейший Владимир даровал ему право совершать Божественную литургию с открытыми Царскими вратами до молитвы «Отче наш».
Протоиерей митрофорный Георгий Ботнарь в 1998 году окончил заочное отделение Московской духовной академии. Его супруга погибла в автомобильной катастрофе.
Епископ Кагульский и Каушанский
Епископ Анатолий Ботнарь после своей хиротонии как епископ. Слева направо: Высокопреосвященнейший Владимир, Патриарх Алексий II и Преосвященнейший Анатолий.
На заседании 17 июля 1998 года Священный Синод Русской Православной Церкви принял решение о создании Епархии Кагульской и Каушанской и назначении её епископом протоиерея митрофора Георгия Ботнаря после пострига в монашество и возведения его в сан архимандрита.
28 августа 1998 года, в праздник Успения Пресвятой Богородицы, во время вечернего богослужения в кафедральном соборе «Святой Великомученик Феодор Тирон» в Кишинёве митрополит Кишинёвский Владимир постриг в монашество священника Георгия Ботнаря (вдовца), который получил имя Анатолий, в честь Святого Мученика Анатолия (празднуется 23 апреля/6 мая). Два дня спустя, 30 августа, в 12-ю воскресную после Пятидесятницы, во время Божественной Литургии он был, согласно синодальному решению, возведён в сан архимандрита Высокопреосвященнейшим Владимиром.
11 сентября 1998 года архимандрит митрофор Анатолий Ботнарь был избран Епископом Кагульским и Каушанским в кафедральном соборе «Святая Троица» монастыря «Святой Даниил» в Москве. Хиротония в сан епископа состоялась 12 сентября 1998 года в том же соборе Патриархом Московским и всея Руси Алексием II при сослужении митрополита Волоколамского и Юрьевского Питирима, митрополита Кишинёвского и всея Молдовы Владимира Кантаряна, архиепископа Солнечногорского Сергия Фомина, архиепископа Истры Арсения Епифанова, епископа Броницкого Тихона Емельянова, епископа Орехово-Зуевского Алексия Фролова и епископа Дубоссарского Юстиниана Овчиникова.
С 6 октября 1999 года Преосвященнейший Анатолий носит титул Епископа Кагульского и Ляпушненского. Епископская кафедра находилась в городе Инкэшт, затем с 2001 года – Епископ Кагульский и Комратский.
Епископ Анатолий Ботнарь был награждён Орденом «Слава Труда» (2000, Указ Президента Республики Молдова Петра Лучинского) — «за особые заслуги в духовном и нравственном возрождении общества».